Prvi svjetski rat prekinuo je Penkalina istraživanja. Životne prilike bile su vrlo teške, te se više posvetio praktičnoj izvedbi i plasiranju svojih izuma.

Iako je rijetko obolijevao, 1919. obolio je od malarije. Nikome nije bilo jasno gdje ga je ubo komarac anofeles. Bolest je uzela maha i ti dani njegova bolovanja, visoke temperature i groznice bili su za njegovu obitelj i prijatelje puni straha i neizvjesnosti. Nakon desetak dana Penkala se oporavio i ubrzo ozdravio. No, zdravlje nije dugo služilo Penkalu.

U svojim naporima da razvije industriju na području Zagreba i čitave Hrvatske nenadano umire 5. veljače 1922. u 51. godini, nakon službenog putovanja s kojeg se vratio s upalom pluća.
Sudbina je htjela da je umro u naponu intelektualnog stvaranja.

Sprovod tog rodoljuba i plemenitog čovjeka bio je do tada neviđen. Masa je Zagrepčana u dugoj povorci, 7. veljače 1922., pratila preminulog Penkalu. Cijeli intelektualni Zagreb išao je u dubokoj žalosti iza čovjeka koji je Zagrebu i Hrvatskoj dao tako mnogo.

U posmrtnom je govoru prof. dr. Izidor Kršnjavi rekao:
«Tvorac penkale ostavio je svoje ime za vječnost!»